ENAP se encuentra sujeta al control financiero, contable, administrativo y disciplinario de la Contraloría General de la República. En cuanto a su régimen presupuestario y financiero, ENAP se rige por las disposiciones del artículo 11 de la Ley N° 18.196, promulgada el 27 de diciembre de 1982.
Asimismo, se aplican a ENAP las disposiciones de los artículos 29 y 44, letra a) del Decreto Ley N° 1.263 de 1975 -promulgado el 21 de noviembre de 1975- sobre Administración Financiera del Estado, referidas a las facultades del Ministerio de Hacienda para ordenar traspasos de utilidades y anticipos de las mismas y al requisito de obtención de autorización previa de ese Ministerio para comprometer el crédito público, mediante endeudamiento directo, garantías y otras modalidades, respectivamente.
Conforme con lo establecido en el Artículo 3° del Decreto Ley N°1.056 de 1975, promulgado el 5 de junio de 1975. ENAP solo puede efectuar aportes de capital a sociedades o empresas, hacer depósitos o adquirir instrumentos en el mercado de capitales, previa autorización del Ministerio de Hacienda.
ENAP se encuentra inscrita en el Registro de Valores de la Comisión para el Mercado Financiero ( ex Superintendencia de Valores y Seguros), con el número 783, y sujeta al control y fiscalización de esta entidad. En atención a lo anterior, le son aplicables, en lo pertinente, las normas de la Ley N° 18.045 de Mercado de Valores, promulgada el 21 de octubre de 1981; y de la Ley 21.000, que crea la Comisión para el Mercado Financiero.
De conformidad con lo dispuesto en su Ley Orgánica, las relaciones entre ENAP y sus trabajadores se regulan por el Código del Trabajo.