La Línea de Negocio de Refinación y Comercialización está encargada de desarrollar las actividades relacionadas con la producción y comercialización de combustibles y otros productos derivados del petróleo (solventes, bases para fabricación de asfaltos, etileno y otros productos petroquímicos), con la comercialización del gas natural licuado, además de realizar el manejo de la infraestructura logística para el transporte y almacenamiento de éstos.
Reportan a esta Línea de Negocio: (1) la filial ENAP Refinerías S.A., cuyos principales activos son la Refinería Aconcagua y Refinería Bío Bío (ubicadas en la Región de Valparaíso y la Región del Biobío, respectivamente); (2) la Gerencia de Optimización y Planificación Estratégica; (3) la Gerencia de Mantención Mayor de Plantas e Instalaciones.
Esta Línea también se encarga de la comercialización de crudos y productos derivados del petróleo y gas natural, y del abastecimiento de crudo y gas natural para las refinerías de Aconcagua, Bío Bío y Gregorio.
La comercialización de productos derivados del petróleo y gas natural tiene como foco principal el mercado nacional, actividad que realiza con producción propia y con compras a terceros.