En esta refinería las principales plantas de procesamiento de crudos y cargas complementarias son: Topping y Vacío I, Topping y Vacío II, Cracking Catalítico, Wet Gas Scrubber, Reformación Continua, Hidrocracking Suave (dos plantas), Hidrodesulfurización de diesel y de gasolina, Alquilación, Planta de Solventes, Planta de ácido sulfúrico, Planta de Isomerización, Planta de DIPE, Planta de Azufre y Planta de Hidrógeno (propiedad de Linde), Complejo de Coquización Retardada Coker y Planta Cogeneradora.
Además, existen plantas de tratamiento Merox para aguarrás y kerosenes, instalaciones de tratamiento de gases y aguas aceitosas, planta de suministros, sistema cerrado de agua de refrigeración; sistema de antorchas, oleoductos entre la refinería y el Terminal Marítimo de Quintero; instalaciones de cañerías internas de zonas de estanques a plantas procesadoras y de estas plantas a estanques de productos intermedios y finales; zona de bombas para enviar productos desde la refinería; Terminal Marítimo en Quintero con estanques de crudo y productos, zonas de bombas y cuatro fondeaderos, incluyendo uno de tipo monoboya para buques cisternas Suezmax y VLCC; Laboratorio Químico; Patio de carga de camiones; instalaciones para el personal de la Brigada de Respuesta a Emergencias; Cuartel para el Cuerpo de Bomberos para turnos de 24 horas; carros bombas, equipos y elementos para combatir incendios; talleres especializados de mantenimiento y reparación de todas las plantas; equipos eléctricos de emergencia a base de combustible diesel y gas; y sistema de interconexión de gas natural para ser utilizado como combustible en calderas y hornos (generación de vapor).
En Isla de Pascua, Enap Refinerías S.A. cuenta con una concesión por las instalaciones de una terminal ubicada en el sector de la Rada Vinapu. Con una capacidad de almacenamiento de 4.800 metros cúbicos, el Terminal Vinapu asegura el abastecimiento de combustible del territorio insular. Estas instalaciones son:
-Terminal Marítimo: cuenta con una Línea Submarina de 8 pulgadas de aproximadamente 500 metros de longitud y un fondeadero con capacidad para amarrar Buques Tanques de hasta 110 metros de eslora, 10 metros de calado y hasta 10.000 DWT, para operaciones de descarga o carga.
-Terminal Terrestre: con 6 estanques de almacenamiento de productos refinados, con capacidad para 800 metros cúbicos, los que almacenan Kerosene Aviación, Gasolina 93 NOR y Diesel B. También cuenta con sistema de carguío a camiones (Sala de Bombas e Isla de Carguío) y un Sistema Contra Incendio. Para la distribución de productos dispone de una flota de Camiones Cisternas, compuesta de tres camiones para Kerosene Aviación y dos semitrailers para Gasolina y Diesel B.